JAMA子刊再添新证：晚饭早点吃，减肥更有效 | 热心肠日报
今天是第2261期日报。
JAMA子刊：早限时进食，减重更有效
JAMA Internal Medicine[IF:44.409]
① 90名成人肥胖患者随机等分为2组，在能量限制的基础上，进行早限时进食（eTRE，每天进食期8小时，从7:00到15:00）或对照进食（每天进食期≥12小时），持续14周；② eTRE的减重效果显著优于对照（-6.3 vs -4.0 kg），而减脂效果的组间差异不显著（−4.7 vs −3.4 kg），但仅纳入完成干预的受试者时eTRE在减脂方面也显著更好；③ eTRE可更有效改善舒张压和情绪紊乱；④ 两组在其他心血管代谢危险因素、食物摄入、身体活动和睡眠方面结果相似。
Effectiveness of Early Time-Restricted Eating for Weight Loss, Fat Loss, and Cardiometabolic Health in Adults With Obesity: A Randomized Clinical Trial
08-08, doi: 10.1001/jamainternmed.2022.3050
【主编评语】早限时进食（eTRE）是指将吃饭时间集中在每天比较早的一段时间内，通俗地说就是把晚饭提前到下午吃，而后持续禁食到第二天早饭前，每天的进食窗口通常不超出10小时（8小时比较常见）的范围。eTRE被认为是一种比较符合人体昼夜节律的饮食模式，可能对代谢健康有额外好处。JAMA Internal Medicine最新发表的一项单中心随机对照试验表明，在进行热量限制减肥时，相较于非eTRE（不限制进食时间，每天进食窗口≥12小时），eTRE在减重、改善舒张压和情绪方面，更为有效。（@mildbreeze）
微生物风险评分或可用于预测疾病风险
Microbiome[IF:16.837]
① 构建微生物风险评分（MRS）预测疾病易感性，流程包括数据输入、MRS算法、微生物特征鉴定、验证等部分；② MRS算法含识别与疾病相关的标志微生物子群落，将识别类群整合为分数两个关键步骤；③ 在NYULH COVID-19队列，结合多组学数据的MRS，可提高对新冠死亡的预测准确性；④ 基于不同微生物群相对丰度创建了多种疾病特异性MRSs，使用GMHI队列进行了验证；⑤ 基于MRS和T1D多基因风险评分构建模型，可更好预测潜在遗传-微生物互作对T1D进展影响。
Microbial risk score for capturing microbial characteristics, integrating multi-omics data, and predicting disease risk
08-05, doi: 10.1186/s40168-022-01310-2
【主编评语】目前，多基因风险评分（PRS）常用于对复杂疾病或表型的遗传风险评分。最新，纽约大学格罗斯曼医学院研究人员在Microbiome发表最新研究，借鉴PRS的框架构建一个类似的微生物风险评分（MRS），用来总结大规模人群研究中疾病特异性微生物特征，评估其在疾病预测中的潜力。此外，研究人员还使用NYULH COVID-19队列、肠道微生物组健康指数（GMHI）队列和大型1型糖尿病队列的真实数据进行分析和测评，揭示了微生物组数据在疾病预测和多组学整合方面的效用。（@九卿臣）
肠道菌群影响IBS腹痛的新机制
Gastroenterology[IF:33.883]
① 腹泻型肠易激综合征（IBS-D）患者的结肠活检样本中，消退素D1（RvD1）的水平及其合成过程中的关键因子脂氧合酶5（LOX5）的mRNA水平都显著降低；② 肠道菌群可调节结肠的RvD1水平，给无菌小鼠定植IBS-D患者的肠道菌群或革兰氏阴性菌可抑制RvD1合成，从而增加内脏疼痛敏感性和肠黏膜炎症；③ 结肠类器官实验表明，菌群产物脂多糖可通过TLR4-Myd88信号通路，下调结肠簇细胞（tuft cells）的Lox5 mRNA表达和RvD1合成。
Gut Microbiota Alter Visceral Pain Sensation and Inflammation via Modulation of Synthesis of Resolvin D1 in Colonic Tuft Cells
08-03, doi: 10.1053/j.gastro.2022.07.053
【主编评语】一些肠易激综合征（IBS）患者存在内脏超敏（对疼痛敏感）和肠黏膜低度炎症，其原因机制尚不清楚。消退素是一类抗炎脂质介质，可调节疼痛和炎症消退。Gastroenterology近期发表的研究发现，肠道菌群产生的脂多糖（主要源自革兰氏阴性菌）可通过TLR4-MyD88通路，抑制结肠簇细胞中的脂氧合酶5表达，从而下调结肠黏膜的消退素D1水平，进而增加肠道对机械刺激的敏感性和低度炎症。（@mildbreeze）
肠菌或与结肠肥大细胞直接互作介导IBS发病
Gut Microbes[IF:9.434]
① 人源化IBS小鼠模型结肠肥大细胞和神经元共定位肥大细胞数量更多，肠道细菌渗入固有层，结肠粘液层破坏；② RNAscope发现人源化IBS小鼠结肠肥大细胞附近有细菌，两者直接互作；③ 人源化IBS小鼠TLR4和H4受体高表达，其细菌培养物上清刺激腹膜/骨髓来源肥大细胞（PMC/BMMC）H4受体高表达，BMMC脱粒、粘附、趋化性增加及组胺释放；④ TLR4和H4受体激活导致肥大细胞脱粒，H4途径调节迁移，而TLR4途径调节组胺释放。
Gut bacteria interact directly with colonic mast cells in a humanized mouse model of IBS
07-29, doi: 10.1080/19490976.2022.2105095
【主编评语】这是发表在Gut Microbes的一份工作，作者通过结合人源化IBS小鼠模型和荧光原位杂交、RNAscope技术，在体内观察到IBS菌群细菌通过受破坏的粘液层接触到结肠肥大细胞，并直接相互作用。作者发现IBS菌群细菌通过代谢物刺激肥大细胞的TLR4和H4受体高表达并激活，导致肥大细胞脱粒及迁移，并介导组胺释放。这份研究揭示了IBS患者体内菌群与肠道功能障碍和内脏超敏反应关系的新机制。（@Johnson）
选择FMT供体的新指标
Gut[IF:31.793]
① 纳入2名FMT供体，对UC的有效性差异较大，对2人的粪便菌群和代谢组进行长期分析；② 疗效好的供体，其菌群有更好的长期稳定性；③ 供体菌群的物种均匀度是与疗效相关的另一指标，在2项临床试验中均有此观察，且物种均匀度与供体菌群在受体中的植入程度正相关；④ 鉴定出在疗效好的供体中稳定富集的一组肠菌，以及在另一供体中与疗效相关的肠菌，均显示出植入患者肠道的证据；⑤ 供体间的菌群组成差异导致了功能差异，可在粪便代谢组上反映出来。
Microbial determinants of effective donors in faecal microbiota transplantation for UC
07-25, doi: 10.1136/gutjnl-2022-327742
【主编评语】粪菌移植（FMT）用于治疗溃疡性结肠炎（UC）时，其疗效可存在较大变化，供体菌群的差异可能是该现象背后的一个重要原因。Gut近期发表研究，对治疗UC有效性差异较大的2名FMT供体（其中一名的有效性为100%，另一名为36%），进行了粪便菌群和代谢组的纵向分析，探索了供体菌群特征与疗效的关联。结果表明，供体菌群的稳定性、物种均匀度和特定的微生物物种，或能作为标志物用于选择对UC疗效更好的供体。（@mildbreeze）
Cell子刊：FMT后供体的菌株植入受哪些因素影响？
Cell Reports Medicine[IF:16.988]
① 纳入14项FMT试验，涉及5种疾病和250余人，分析粪便宏基因组并确定FMT后受体的菌株来源；② FMT后供/受体菌株的同种共存较少见；③ 供体菌株的植入与受体FMT前的菌群失调及供/受体菌群α多样性有关，抗生素预处理和洗肠以及多次FMT或能增加供体菌株植入；④ 高相对丰度菌种的菌株更可能植入，口腔、耐氧和革兰氏阳性菌种的菌株则不太可能植入；⑤ 建立模型，可用于指导优化个性化FMT的供受体配对；⑥ 供体菌群植入对临床应答的影响可能与疾病有关。
Identification of clinical and ecological determinants of strain engraftment after fecal microbiota transplantation using metagenomics
08-04, doi: 10.1016/j.xcrm.2022.100711
【主编评语】粪菌移植（FMT）在治疗与菌群密切相关的疾病方面具有潜力，但FMT后患者（受体）菌群的组装及其决定因素，尚有很多未知。Cell Reports Medicine近期发表研究，对接受FMT治疗的患者菌群进行了全面的菌株水平分析，表明供体菌株的植入取决于菌群和临床参数，包括对受体进行抗生素预处理和肠道灌洗，并从生态学的角度进行了分析。（@mildbreeze）
最小粪便群落移植或也可恢复对艰难梭菌的定植抗性
mBio[IF:7.786]
① 小鼠在三种抗生素分别处理后接受粪便群落移植（FCT），随后进行艰难梭菌感染（CDI），其中FCT可清除链霉素和头孢哌酮处理小鼠的CDI，但对克林霉素无效；② 稀释移植菌液后进行FCT，发现稀释后FCT对头孢哌酮失效，但仍能清除链霉素处理小鼠体内CDI；③ FCT并非通过恢复菌群多样性来抵抗CDI，可能是通过调整相关肠菌丰度；④ 16S扩增子揭示链霉素处理小鼠中紫单胞菌科和毛螺菌科丰度与CDI抗性正相关。
Diluted Fecal Community Transplant Restores Clostridioides difficile Colonization Resistance to Antibiotic-Perturbed Murine Communities
08-01, doi: 10.1128/mbio.01364-22
【主编评语】这是发表在mBio上的一份工作，作者对抗生素处理的艰难梭菌易感小鼠进行了粪便群落移植（FCT）预处理，发现FCT可恢复链霉素和头孢哌酮介导的艰难梭菌感染（CDI）易感性。在对移植菌液进行梯度稀释后重复实现，发现仅在链霉素处理条件下，1/1000稀释度后FCT仍能恢复小鼠对CDI的抗性。通过16S扩增子，作者观察到抗生素处理与FCT后菌群结构变化，其中链霉素处理小鼠中紫单胞菌科和毛螺菌科丰度与CDI抗性正相关。值得注意的是，这份工作强调了FCT是否起效取决于抗生素处理后的菌群结构，支持了克林霉素和头胞哌酮的阴性结果。（@Johnson）
陶诗煜+魏泓：早期断奶仔猪肠道病毒群有何特征？
Microbiology spectrum[IF:9.043]
① 采用宏基因组和宏转录组测序结合生信技术，揭示早期断奶仔猪肠道DNA和RNA病毒群生物多样性、结构和组成；② 腹泻早期断奶仔猪肠道病毒α多样性高于健康仔猪，而两组间β多样性无显著差异；③ 两组仔猪中共鉴定出58种差异DNA病毒和16种差异RNA病毒；④ 早期断奶健康和腹泻仔猪肠道病毒整体结构相似，但腹泻仔猪肠道中存在更多病毒种类和生态多样性；⑤ 某些特定的差异病毒可能是区分早期断奶腹泻和健康仔猪的关键生物标志物。
Landscapes of Enteric Virome Signatures in Early-Weaned Piglets
08-01, doi: 10.1128/spectrum.01698-22
【主编评语】仔猪断奶早期由于本身免疫力和消化机能较弱、或饲养管理不适就容易发生腹泻现象，腹泻会增加仔猪死亡率、降低仔猪生长性能、严重危害畜牧业。目前，对早期断奶仔猪肠道菌群的研究几乎只集中在细菌上，而对肠道病毒群的研究极其缺乏。近日，华中农业大学的陶诗煜、魏泓及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，采用宏基因组和宏转录组测序结合生信技术，揭示早期断奶仔猪肠道DNA和RNA病毒群的生物多样性、结构和组成，发现早期断奶健康和腹泻仔猪肠道病毒整体结构相似，但腹泻仔猪肠道中存在更多病毒种类和生态多样性。总之，该研究为未来制定有效策略干预仔猪早期腹泻提供了新指导。（@九卿臣）
国内团队：野生鸟类和繁殖鸟类的泄殖腔病毒组
Microbiome[IF:16.837]
① 用病毒宏基因组学分析中国8省18采样点的2562只野生和620只繁殖鸟类（10个目、>87个种）的泄殖腔病毒组；② 野生鸟类的病毒多样性高于繁殖鸟类；③ 组装出707个病毒基因组（469个RNA病毒，238个DNA病毒），为19个科和4个未分类的病毒类群，其中265个为新科、属或种，这些病毒的分布模式在不同栖息地（野生vs家养）、目次和采样点间存在差异，而在候鸟和留鸟间无显著差异；④ 野生鸟类和家禽间有潜在的跨物种病毒传播。
Virome in the cloaca of wild and breeding birds revealed a diversity of significant viruses
04-12, doi: 10.1186/s40168-022-01246-7
【主编评语】鸟类可以携带并向人类和其他动物传播病毒。江苏大学医学院的张文团队和中国农业科学院的童光志团队在Microbiome发表研究，对 3182只野生和繁殖鸟类的泄殖腔病毒组进行了大规模分析，扩展了对鸟类病毒多样性的认知。（@mildbreeze）
感谢本期日报的创作者：mildbreeze，九卿臣，阿童木，Zzz，RZN，周梦情